除了美術館和城郭，神社和寺院也是日本旅遊時經常參觀的地方，一直也有收集御朱印的習慣。這篇先整理京都府內神社及寺院的御朱印（和御朱印帳）。
神社
平安神宮
地址：京都市左京区岡崎西天王町97
京都五社巡禮之一、守護著平安京中央的平安神宮，御朱印有點簡單呢（笑）
注：京都五社巡禮即分別守護著平安京的四方及中央的五家神社：北方玄武（上賀茂神社）、東方蒼龍（八坂神社）、南方朱雀（城南宮）、西方白虎（松尾大社）及中央（平安神宮），五社巡禮有自己獨特的朱印色紙，集齊後還有紀念品。
八坂神社
地址：京都府京都市東山区祇園町北側625
主祭神：素戔嗚尊、櫛稲田姫命（素戔嗚尊之妻）、八柱御子神
全日本八坂神社及以素戔嗚尊作為主祭神神社的總本社。此處原本的祭神卻是日本神佛習合的神牛頭天王，亦即祇園天神，在神佛習合中與素戔嗚尊習合，所以此處本名為祇園社。在明治時期神佛分離政策下，以牛頭天王作祭神的祇園社、天王社等，一律改成以素戔嗚尊作為祭神，感神院祇園社亦改為八坂神社。
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寺院
金閣寺（鹿苑寺）
地址：京都市北区金閣寺町1
金閣寺正式名稱為鹿苑寺（山號為北山），因此寺院印為「鹿苑禪寺」，堂名則是「金閣」舍利殿，且右上有世界文化遺產的朱印。另外還有「石不動明王」及「北山殿」的御朱印，下次有機會再去金閣寺時再收集。
銀閣寺（慈照寺）
地址：京都府京都市左京区銀閣寺町2
銀閣寺正式名稱為東山慈照寺，寺院印為銀閣慈照禪寺，堂名則為「銀閣」觀音殿，中央的朱印為「佛法僧寶」三法印。另外在2015年前似乎有另一款不同的御朱印。
清水寺
地址：京都府京都市東山区清水1丁目294
仁和寺
地址：京都市右京区御室大内33
